店舗が複数あります。モバイルオーダーの商品を店舗ごとに分けられますか？

できます。商品は店舗に紐付けられ、売り切れなどのステータスや受付設定も店舗単位で切り替えられます。注文も店舗ごとに作成・通知されます。

なので「A店は売り切れ、B店は販売中」「店舗ごとにメニューが少し違う」といった運用が可能です。
複数店舗をまとめて1アカウントで管理しつつ、現場の設定は店舗別、という形にできます。

店舗ごとに売り切れを切れるのが地味に便利です。本部でまとめて見つつ、各店が自分の在庫を管理できます。