1つのアカウントで複数店舗を運用できますか？店舗ごとに設定は分けられる？

できます。1つのアカウント(クライアント)の下に複数の店舗を持てて、予約やモバイルオーダーなどの設定は店舗単位で分けられます。

なので「配信や会員はまとめて管理」「予約枠やメニュー、売り切れ状況は店舗ごと」という運用ができます。
全店共通でやりたいことと、店舗ごとに変えたいことを切り分けて設計すると、多店舗でも回しやすいです。

全店まとめて配信しつつ、予約枠は店舗別に設定できて助かっています。
共通部分と店舗別を分けて考えるのがコツでした。