ユーザーの支払い方法（クレジットカード）は変更できますか？

できます。ユーザー自身が会員ページ（LIFF）から、登録カードの変更・追加・削除を行えます。なお、あるカードに紐づくサブスクリプションが残っている場合、そのカードは削除できません（先にカードの切り替えが必要です）。